生物質譜技術是蛋白質組學研究中最重要的鑒定技術，其基本原理是樣品分子離子化后，根據不同離子之間的荷質比(M/E) 的差異分離并確定其分子量。對于經過雙向電泳分離的目標蛋白用膜蛋白酶酶解(水解Lys或Arg的C端形成的肽鍵)成肽段，對這些肽段用質譜進行鑒定與分析。
目前常用的質譜包括兩種：基質輔助激光解吸電離一飛行時間質譜(MALDI-TOF-MS) 和離子阱質譜(ESI-MS) 。
服務的機型包括：基質輔助激光解析電離-飛行時間質譜儀（MALDI-TOF），液相色譜-線性離子阱質譜聯用儀 nanoLC-LTQ，液相色譜-四級桿-飛行時間質譜聯用儀 Q-TOF，液相色譜-線性離子阱-軌道阱質譜聯用儀 LTQ Orbitrap XL等。
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